Nelle cellule delle foglie si trovano i carotenoidi (pigmenti chimici responsabili del colore arancione delle carote o del giallo del mais) che però restano invisibili sotto il verde della clorofilla (il pigmento chimico che cattura l'energia del sole). Ma in autunno, quando le foglie si stanno avvicinando alla fine del loro ciclo di vita, la clorofilla diminuisce e il giallo-arancione del carotene e degli altri pigmenti (che normalmente sono nascosti dal verde della clorofilla) prende il sopravvento e si rivela.
Le piante producono anche altri pigmenti, gli antociani (dal greco anthos=fiore e kyàneos=blu), che hanno una tinta rossastra-blu e la funzione di "crema solare" contro alcuni raggi ultravioletti (sono anche responsabili del colore blu di molti frutti come i mirtilli). Quando la clorofilla e gli antociani coesistono, il colore delle foglie può virare verso il bronzo, come nei frassini. A concentrazioni sufficientemente elevate, gli antociani fanno invece sembrare una foglia quasi viola, come negli aceri giapponesi.
Infine, i colori autunnali più grigi si formano quando le foglie sono completamente morte perché avviene la degradazione dei cloroplasti (corpuscoli cellulari che contengono la clorofilla). E quando le foglie sono secche, i pigmenti si legano insieme e una "poltiglia marrone".

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